一种基于智能无人船载无人机的船舶排放遥测系统，包括：无人船自动驾驶子系统、无人机控制子系统、中央数据处理子系统、全流程监控和故障诊断子系统以及具有测量船舶排放污染物功能的无人机测量系统，本发明整体解决了船舶靠岸静态检测技术的数据失真、不及时缺陷；基于智能无人船载体，可以实现各种水域环境的检测任务，不仅可以自主实现目标海域、目标船舶的选择，还可以自主评估目标船舶的排放情况，极大地减少了海事部门有关部门的工作量，还能保住检测数据真实、客观、可靠。