本发明公开了一种纯化柱自动填料装置及其加工方法，其技术方案要点是：一种纯化柱自动填料装置，包括用于输送纯化柱的输送链，所述输送链设置有若干用于供纯化柱放置的放置座，所述输送链设置有呈U形的拐角，还包括用于进行自动填料的填料机构，所述填料机构包括架体、转动连接于所述架体的转动架、设置于所述转动架与所述放置座之间并带动转动架转动的驱动组件、设置于所述转动架并用于存储颗粒物料的存储箱、若干设置于所述存储箱侧壁并用于定量输出颗粒物料的输出组件、若干连接于所述输出组件且可位于放置座正上方的出料管。本发明实现输送链连续不停顿输送纯化柱的同时对纯化柱自动填充定量颗粒物料，提高纯化柱加工效率。