本发明公开了一种牵引网高次谐波抑制方法及系统、轨道交通车辆，实时采集接触网网压，计算所述网压的谐波含量及特征频率；若所述谐波含量不小于预设的门槛值，则判定网压异常，控制四象限变流器停止运行；判断当前网压的特征频率是否在某四象限控制方式特征频率预设范围内，若否，则控制所述四象限变流器以该四象限控制方式运行。本发明在不改变传统大功率电力机车接触网供电工作模式主电路拓扑结构的基础上，通过增加FFT计算检测单元以及预置四象限不同运行控制方式，能有效检测牵引网高频谐振，准确根据比对结果判断输出运行方式，可靠抑制牵引网产生的高频谐振，提高系统稳定性，为机车的可靠运行提供了多重保障。