本发明提供用于射孔的数码电子雷管起爆管控系统以及用于该系统的方法，系统包括控制装置和射孔装置，所述射孔装置包括射孔枪、多个电子雷管以及多个射孔弹，所述电子雷管包括爆炸部和编码控制部；所述控制装置用于设置、核对起爆数据并输出起爆信息至所述编码控制部，所述编码控制部核对起爆信息并控制所述爆炸部起爆；该系统起爆管控严格，具有更高的起爆安全性；并且通过多时钟校准使得电子雷管与处理终端的时钟信息一致，避免因环境导致时钟漂移，以保障高质量完成起爆作业；该系统还采用具有结构强化的射孔枪，可有效防止射孔枪在使用时发生爆裂及过度塑性形变，避免导致卡井事故，从而有效保障射孔作业的开展。