本发明公开了一种基于穗萌分级标准的水稻种子穗萌评估方法，该方法包括：取水稻稻穗，根据穗萌分级标准将穗发芽种子进行分级统计，确定各种子的穗萌级别；穗萌分级标准为：0级，完整饱满未萌动的种子；1级，颖壳未开裂、但去掉颖壳后可见胚根已凸起的种子；2级，胚部颖壳开裂、胚根露出颖壳、且长度小于2mm的种子；3级，胚根伸出2mm以上的种子；根据穗萌级别及公式，计算穗萌率和穗萌指数，评估水稻的穗萌情况。本发明在现有穗萌分级标准的基础上进行优化，将原方法中所忽略的水稻种子颖壳未破裂但胚根已凸起的种子纳入至穗萌种子中，解决了穗萌率和穗萌指数被低估的问题，提高了水稻穗萌评估的准确性。