本发明公开了一种基于分子动力学的生物活性玻璃结构及XRD计算的模拟方法。该方法包括：编写脚本构建分子动力学模拟软件的数据文件，建立生物活性玻璃无定形结构的初始模型；选取生物活性玻璃的各原子之间相互作用力的势函数；通过分子动力学模拟软件运行计算，输出生物活性玻璃模型的原子坐标文件及XRD数据；结合可视化及数据分析软件得到生物活性玻璃微观结构信息。本发明基于分子动力学理论，通过分子动力学模拟方法得到该玻璃原子层面的结构信息及计算得出XRD，弥补了实验研究无法实现原子级结构分析的不足，以深入分析生物活性玻璃结构、离子扩散、表面特征与生物活性之间的联系，并可对不同组分生物活性玻璃结构进行性能预测。