本发明涉及交通运输技术领域，具体是一种电磁发射式低真空度稀薄气体管道氢动力高速飞车系统及运输方法。包括飞车系统、低真空度稀薄气体管道系统、电磁发射系统；所述飞车系统包括飞车；所述低真空度稀薄气体管道系统包括供飞车往返飞行使用的低真空度稀薄气体管道，所述低真空度稀薄气体管道包括依次设于相邻站台之间的电磁发射低真空段、无轨巡航段以及气浮减速段；所述电磁发射系统包括磁悬浮轨道、磁悬浮拖板以及供电系统，磁悬浮拖板能够与飞车底部可控连接。相较于真空管道，低真空度稀薄气体管道有效降低建造及维护成本。本发明仅需在车站前后修建几公里的磁悬浮轨道，降低了磁悬浮轨道的建造成本。