本发明公开了一种用于浸出风化壳淋积型稀土的复合微生物菌剂及其制备方法，其含有的菌种为以下菌种中的多种：解脂耶氏酵母、鲁氏接合酵母、酿酒酵母、米曲霉，木醋杆菌、氧化葡糖杆菌、乳酸片球菌、植物乳杆菌、米根霉、土曲霉，纹膜醋杆菌、许氏醋酸菌、奥尔兰纹膜醋杆菌、胶膜纹膜醋杆菌、恶臭醋杆菌、巴氏醋酸菌、铜绿假单胞菌、维氏硝化杆菌。本发明用于风化壳淋积型稀土浸出的复合微生物菌剂制备所需的微生物均广泛存在于自然界中，且大都为可用于食品工业的工程菌株，具有环保安全、成本低和易获取的优点；本发明的用于风化壳淋积型稀土浸出的复合微生物菌剂制备方法，所用设备简单、操作简便，有利于实现工业化应用。