本申请公开了一种全贯通式柔性牵引供电系统的接触网差动保护方法及装置，接触网设置有断路器，其中，方法包括：采集接触网断路器处的电压信号和电流信号；根据电流信号确定电流变化率，并根据电流变化率和预设的差动计算原则进行差动判据选择，并根据选择的差动判据采取对应保护动作；根据电压信号和电流信号确定阻抗值，并根据阻抗值和预设距离阈值进行每段接触网的保护区划分，以作为差动保护的后备保护。由此，通过采集计算接触网断路器处电压信号和电流信号，通过差动原理对接触网进行保护，并通过距离保护进行后备保护。