本发明公开了一种基于生态罧的水生生物生境修复方法，包括以下步骤：（1）选择修复水体基底平整的区域，以原木、石条或水泥桩构建生态罧，生态罧的底部堆积块石；（2）生态罧中选取4‑5根构筑物安装限位桩，限位桩上设有限位绳；（3）在湿生植物载体上配置湿生植物组成湿生植物模块，该模块通过限位绳固定于生态罧上；（4）在沉水植物载体上配置沉水植物组成沉水植物模块，该模块通过限位绳固定于生态罧上，在沉水植物载体下方固定生物膜载体。该方法基于生态罧配置湿生植物模块、沉水植物模块和生物膜载体，为鱼类、水生植物、附着藻类、浮游动物、底栖动物等水生生物提供栖息环境，通过生境的修复实现生物多样性和生物完整性的整体恢复。