本发明提供一种除菌过滤器，包括上壳体、下壳体与透明管，所述下壳体的上端口设置有第一连接法兰，所述上壳体的下端口设置有第二连接法兰；所述透明管与上壳体、下壳体均设置为管状结构，所述透明管的上端与下端分别设置有第三、第四连接法兰，所述上壳体与透明管通过所述第二、第三连接法兰固定连接，所述下壳体与透明管通过所述第一、第四连接法兰固定连接；所述上壳体与下壳体中从下往上依次均设置有杂质过滤装置与除菌过滤装置。本发明通过透明管的设置实现上下壳体的可拆卸连接，以及空气可以经过上下壳体内的杂质过滤装置与除菌过滤装置进行两次过滤，既减少成本，又提高过滤效果。