本发明提供一种颅内外血管吻合术中血流自动定量分析方法，包括步骤：S1、从若干患者术前术后ICG‑VA视频中各提取一帧视频图像；S2、训练多任务Unet网络，用于分割一帧ICG‑VA视频图像中的所有血管以及受体血管；S3、基于训练好的网络分割待检测患者术前术后一帧视频图像的所有血管以及受体血管；S4、基于sift算法，将患者术前术后的视频图像进行配准；S5、基于HS光流法分析患者术前术后受体血管的血流方向。本发明不仅能对受体血管进行血液灌注分析，还可以自动检测和匹配手术前后图像的血管，测量任意血管的血流方向和强度曲线，并给出校正后的手术前后的血流灌注变化图，使术者能够直观地评估吻合术引起的血流灌注的变化。