本发明提供了一种水稻基因OsFd2及其抗稻瘟病的应用，本发明采用CRISPR/Cas9的方法对水稻基因OsFd2进行敲除，并通过过表达载体遗传转化方法进行突变体植株表型回补。分别对野生型、敲除突变体与过表达回补植株进行稻瘟病菌接种实验。结果显示，敲除OsFd2明显提高了水稻植株对稻瘟病菌的抗性，但产生苗期致死表型；而OsFd2过表达回补植株与突变体相比，生长恢复正常，表现为比野生型更感稻瘟病。上述结果表明，OsFd2为负调控水稻抗稻瘟病免疫的基因，也是水稻正常生长所必需的关键基因。本发明内容为田间稻瘟病发生时通过诱导沉默方式提高水稻抗性提供一种内源基因靶标。