本发明属于益生菌生产技术领域，具体涉及一种益生菌胶囊生产制备多级筛分系统，本发明对益生菌胶囊进行筛分时，通过第一筛板、第二筛板和第三筛板对益生菌胶囊进行多级筛分，整个筛分过程中，益生菌胶囊相互之间不会出现挤压和碰撞，避免了益生菌胶囊变形。益生菌胶囊依次通过两块第一筛板之间、两块第二筛板之间以及两块第三筛板之间的过程中，通过毛刷辊的转动以及吹气机构的作用带动益生菌胶囊滚动，从而使得益生菌胶囊表面各处都能与第一筛板、第二筛板和第三筛板进行接触，进而确保了局部出现瘪陷的益生菌胶囊也能得到有效筛分。