本发明公开了一种汽车乘员舱空气清洁度控制系统，包括开控制器，控制器的信号输入端分别连接有增氧强制开关、负离子发生器强制开关、车窗到位检测开关、氧气传感器、负离子浓度传感器、颗粒物浓度传感器和暖风芯体，控制器的信号输出端分别连接有负离子发生器、循环风门和鼓风机。本发明还提供了一种上述系统的控制方法，包括信号采集、车窗控制、强制增氧控制、强制增加负离子控制、氧气体积分数控制、负离子浓度控制和鼓风机控制。本发明的清洁度控制过程耦合了氧气体积分数、负离子浓度和颗粒浓度三个指标，提高了乘员舱的清洁度；车窗控制优先级最高，其次为强制增氧控制和强制增加负离子控制，满足了驾驶员的个性化需求。