本发明公开了一种主备用民航系统中飞行电报自动化处理容错系统和方法，包括：电报引接存储模块，对各类民航飞行电报进行预处理后存储；电报订阅模块，从电报引接存储模块中获取存储的电报数据，对预先建立电报订阅表中信息进行维护；系统运行状态检测模块，产生运行状态正常信息或故障告警信息；状态发布模块，发送运行状态信息给其他运行监控类系统；依据运行状态信息和电报订阅表中信息，维护电报订阅表中信息；电报队列模块，缓存飞行电报的先进先出的线性表，提供飞行电报给电报处理。本发明的系统部署在原飞行电报处理系统前，不改变原电报处理系统对电报处理的规则，不破坏原电报系统自动处理流程，易于实现，改造成本低，安全性高。