本申请提供一种血栓切割系统，包括输送管、收纳管和切割模块。收纳管插接于输送管内，且与输送管在输送管的延伸方向上滑动配合。切割模块包括刀片以及球囊，刀片与球囊连接；切割模块具有相互切换的第一位置和第二位置，当处于第一位置时，球囊以及刀片均位于收纳管中；当处于第二位置时，球囊以及刀片均伸出收纳管的远端，球囊用于在膨胀后与血管壁贴合，刀片能在球囊膨胀时沿收纳管的径向向外运动，且刀片的刀刃朝向收纳管所在一侧，以使刀刃能在驱动收纳管以及切割模块沿退出血管的方向运动时切割血栓。血栓切割手术便捷可靠，安全性高，治疗效果好。