本发明提供一种南海岛礁复合地基施工装置，包括挖砂船、吹砂机构、围栏机构、加热棒以及打夯机，围栏机构设置在海中，其包括隔水板以及半透膜，加热棒设置在半透膜内壁上，在进行岛礁吹填时，将泥砂输送到半透膜内壁形成的吹砂腔中，通过设置的加热棒对泥砂进行升温加热，使泥砂中的水黏性降低，提高泥砂的渗透性，同时挖砂船可以将其储盐腔中存储的盐类投放到隔水板和半透膜之间的渗透腔中，使渗透腔内的海水浓度增加，并进一步提高泥砂的渗透性，打夯机对水面上的岛礁表面进行夯击时，泥砂内的水可以快速的从半透膜流出，降低泥砂内的含水率，提高岛礁地基的结构强度，从而可以在岛礁上进行港口以及通信设施的建设等。