本发明涉及一种基于局部网络相似性比较的天然药物分子靶标蛋白的冷启动筛选方法，用以完成天然药物分子与靶标相互作用关系的初筛。方法采用冷启动的方法对全新的天然药物分子与靶标之间有无连边的可能性进行预测，即当一个天然药物分子没有已知靶标的连边数据时，可以通过本发明进行与现有靶标的连边可能性预测。核心思想是：“结合于同一靶标的药物分子拥有相似的分子子结构”。本方法相对于传统的方法有较高的便捷性，可以用更少的时间和精力为天然药物分子筛选出置信度较高的靶点，为后续天然药物分子目标靶蛋白的筛选提供方向。