本发明提供了一种高能粒子探测器性能评估方法及系统。该方法包括：通过AP8计算高能质子的全向通量；使用数值模拟方法得到地磁场长周期变化导致的高能质子垂直截止刚度的长周期变化趋势；拟合得到截止刚度的长周期相对变化与时间的函数曲线关系；通过上述函数曲线关系，对AP8计算得到的粒子通量进行修正；通过数值计算得到卫星观测点的高能质子对应截止刚度的投掷角分布特征；根据高能质子对应截止刚度的投掷角分布特征，结合AP8模型得到的修正之后的全向通量，得到不同投掷角的高能粒子通量；获取电磁卫星高能粒子探测器探测到的粒子通量；使用上述获得的卫星观测和数值模型通量，对两者进行统计分析，得到包括其整体趋势、线性相关性、绝对偏差、标准差以及均方差大小的用于评价探测器性能的参量。本发明提供的高能粒子探测器性能评估方法及系统可以实现对粒子探测器在轨性能的有效评估。