本发明涉及流水线物料分流技术领域，具体地说，涉及一种自动化流水线用物料分流转运机构及其转运方法。其包括物料引导架，物料引导架的上侧设置有对物料进行分流的分流装置，分流装置设置在物料引导架的一端，物料引导架的两端靠近底部的位置均设置有皮带流水装配线，物料引导架上侧靠近中部的位置左右对称设置有对物料进行翻转的翻倒装置，物料引导架的内部靠近中部的位置左右对称设置有对物料进行分类的筛选装置。本发明对瓶装物料进行均匀分导，避免瓶装物料的堆积，同时设置的筛选装置对瓶装物料进行筛选，免去了工人筛选的麻烦。