本发明属于胶黏剂技术领域，具体涉及一种水性聚氨酯胶黏剂及其制备方法。制备过程包括：先将聚酯多元醇、聚醚与二异氰酸酯、小分子扩链剂在催化剂的作用下进行聚合，加入丙酮降黏后再投入端氨基硅烷偶联剂、亲水扩链剂、胺类扩链剂和螯合剂，继续反应得到水性聚氨酯预聚物；向该预聚物中加水并高速剪切乳化，减压脱除丙酮制得水性聚氨酯乳液；最后向该乳液中加入消泡剂、增稠剂和固化剂制得水性聚氨酯胶黏剂。本发明水性聚氨酯胶黏剂的固含量高、钙离子稳定性好，具有突出的粘接强度，进一步提高了产品的耐水性和耐热性，可用于制鞋行业。最终减压脱除丙酮，丙酮可回收再利用，减少了环境污染，属于清洁生产，并降低了生产成本。