本申请涉及一种基于多采样点的配电网故障的主动行波定位方法、系统及存储介质，其涉及配电网故障检测技术领域，其包括：使得配电网线路两端的时间同步；根据行波信号在配电网线路中的衰减变化，分析获取配电网线路中的线路分支点数量；向配电网线路两端输入行波信号并记录行波信号的初始幅值，行波信号到达故障点将进行全反射，根据线路分支点数量与配电网线路中的衰减系数对配电网线路两端的行波信号进行筛选，筛选出反射行波信号；根据配电网线路两端的行波检测装置接收到的反射行波信号，对配电网线路的故障点进行定位并指派维修人员进行维修。本申请具有对配电网线路中故障点的定位时间较短的效果。