本发明涉及了一种核电站机组运行的干预管理方法及系统，该干预管理方法包括：在机组启动前，根据小支管历史振动的交变应变测量数据及所设置的至少一个有限寿命，计算各个有限寿命所对应的交变应变限值，并确各个交变应变限值所对应的机组干预策略；在机组启动过程中，对小支管进行振动交变应变监测，并更新当前的交变应变值；根据当前的交变应变值、各个交变应变限值及其所对应的机组干预策略，对机组运行进行相应的干预管理。实施本发明的技术方案，可使得小支管一直处于安全可控的管理下，在遇到恶劣工况时，可以为电厂主动干预和后撤提供科学客观的依据和支持，因此，既保障了核电站小支管的安全运行，又不会带来不必要的机组后撤。