本发明涉及接口兼容性管理技术领域，特别涉及一种信息系统集成项目接口版本兼容性检查方法及系统，包含：构建提供方和调用方之间基于接口相互依赖的产品主关联表、提供方产品第一子关联表、调用方产品第二子关联表，并存储至数据库；依据现场产品部署和/或版本升级需求，构建现场关联产品集，将其中每一种产品作为调用方来获取调用方产品版本、调用接口及接口版本，将现场接口产品作为产品提供方并从数据库中查询对应提供方的接口版本；根据接口版本兼容性标准对调用方接口版本和提供方接口版本进行兼容性检查。本发明基于接口版本的兼容性管理，能够及时发现产品部署和升级过程中版本兼容性问题，降低产品部署和升级风险，具有较好的应用前景。