本发明涉及一种出入境跨境联合查验系统及其查验方法，所述系统包括双方查验设备、第一虚拟信号灯、第一灯光信号接收装置、第二虚拟信号灯、第二灯光信号接收装置、第一平移设备和第二平移设备。本发明是在保证出入境双方各自独立查验的基础上，实现双方查验设备之间的协同互动，支撑双方高效联合查验，并为通关司机提供更良好的通关体验。双方查验设备通过光信号进行信息传递，属于无物理接触的信息传递，任何一方均无法通过这种信息传递进入对方的信息系统，进而在确保各方查验系统信息安全的基础上，实现双方查验核放结果信息的互通，支撑双方查验设备独立的平移，最终实现“通关车辆及人员一次停车、顺序受检、联合查验、一次放行”的效果。