本发明公开了一种建立建立代谢物模型及其代谢组学数据库的方法。首先建立代谢物保留时间模型，以已知代谢组学数据库为基础，建立新的使用预测保留时间的代谢组学数据库。建立过程中，将已知的代谢物随机分为训练组和检验组。使用训练组代谢物的MD和保留时间建立模型，使用support vector machine法建立模型，并使用检验组验证模型情况。将拟收录的新代谢物的信息合并，根据建立好的模型获得新代谢物保留时间。本发明方法旨在在缺乏代谢物化学标准品的情况下，通过计算机辅助模拟的方式获得该代谢物的预测保留时间。