本发明公开了电单车电池智能控制系统及其控制方法，包括主控模块、预警模块、基站信息获取模块、电池充电保护模块、电池及车定位模块和控制模块，所述主控模块通过排线与预警模块、4G基站信息获取模块、电池充电保护模块、电池及车定位模块和控制模块相连接。该电单车电池智能控制系统设置可以与楼道基站相互配合，这样通过楼道基站对电动自行车的位置进行监控，避免电动自行车进入到使用者的住户内，避免电动自行车在住户内进行充电。该电单车电池智能控制系统设置设置有电路保护机构，这样可以对电动自行车的电路进行充电保护，避免电池出现长时间充电出现过量的情况，提高电动车的充电效果，增加电动车充电的安全性。