本发明公开了一种生物土壤除臭系统及防臭方法，其技术方案是：包括集气箱，所述集气箱内部设有过滤机构和除臭机构；所述过滤机构包括反应釜，所述反应釜固定设于集气箱内部，所述反应釜内部固定设有壳体，所述壳体底部设有连接杆，所述连接杆顶部延伸入壳体内部并与壳体通过轴承连接，所述连接杆底部贯穿反应釜和集气箱并与反应釜和集气箱通过轴承连接，所述连接杆外部固定连接有多个搅拌叶；所述除臭机构包括散气管，所述散气管外侧开设有多个散气孔，所述散气管与集气箱固定连接，所述散气管顶部设有滤板，本发明的有益效果是：提高微生物土壤对臭气的消除效率，同时操作起来更加方便快捷，降低除臭成本，提高除臭效率。