本发明公开了一种超高通量单细胞测序方法，本发明超高通量单细胞测序方法通过分子标记微珠、反转录序列、桥连引物的使用，先使用反转录序列对细胞内进行一次细胞内反转录，再将经细胞内反转录后的细胞通过微孔板技术或微流控技术使一个分子标记微珠与一个或多个细胞处于分隔的空间中，并在裂解液作用下裂解细胞，反转录后得到的序列在桥连引物的帮助下与分子标记微珠上的分子标记序列连接，并通过PCR扩增获得大量序列，构建获得cDNA测序文库，然后进行高通量测序，一次测序便可以获得上百万个单细胞的特异性转录组信息。大大提高了单细胞测序的通量。