本发明涉及燃料电池技术领域，公开了一种燃料电池发电系统快速启动方法、装置、设备及存储介质，所述方法包括：在检测到燃料电池电堆启动需求时，控制重整系统处于关闭状态，并控制燃烧系统处于运行状态；控制燃烧系统产生的热气体对燃料电池电堆进行预热处理；监测燃料电池电堆的出口温度；在出口温度处于预设温度范围内时，控制重整系统切换至运行状态，以完成燃料电池发电系统的启动，进入正常发电模式。从而在不增加额外系统和设备的前提下，通过本发明的方案，直接将燃烧器产生的热气体通入燃料电池电堆，以可控的方式快速预热电堆，并且通过温度反馈的方式来准确地进行模式切换，实现了发电系统的快速启动，并且兼顾系统效能。