本发明属于信息安全技术领域，具体涉及一种用于软件密码模块的安全通道建立方法及系统，该方法包括在客户端进行初始化后，客户端对输入的用户PIN码进行摘要计算和加密后获得PIN码摘要密文，并发送至服务端；服务端通过密码设备对PIN码摘要密文进行解密验证，再将第一随机数摘要值、第一随机数摘要值密文和服务端的数字证书发送至客户端进行验证；客户端通过服务端的数字证书公钥对生成的第二随机数进行加密后获得第二随机数密文，并发送至服务端；服务端通过密码设备对第二随机数密文进行解密后，并对认证信息进行加密后获得认证信息密文，再将认证信息密文发送至客户端进行解密验证，建立客户端与服务端之间的安全通道。