一种FMCW激光测距差拍信号频率估计方法及系统，涉及调频连续波激光测距及压缩采样技术领域。本发明是为了解决目前的差拍信号频率估计方法还存在采样率高、频率解算速度慢、数据处理计算量大、频率分辨率低的问题。一种FMCW激光测距差拍信号频率估计系统包括：压缩采样模块和频率估计模块；压缩采样模块包括：模拟电路模块、模数转换模块、数字控制模块、通信模块、触发电路；频率估计模块执行步骤为：首先对差拍信号进行粗测获得粗测信号频率，然后再对压缩后的差拍信号进行细化获得细化后的差拍信号频率，最后将粗测信号频率结合细化信号频率即获得最终的激光测距差拍信号精确频率。本发明用于获取差拍信号的频率。