本发明公开了一种汽车车门间隙面差控制系统，包括：用于测量焊装和总装间隙面差的测量模块、仿真计算模块、用于得到实际车门焊装以及总装的间隙面差均值偏差、极差的数据处理模块、用于判断数据处理模块的输出分别是否满足要求以及执行动作S4‑1或动作S4‑2的控制模块、用于执行焊装、涂装和总装的执行单元。本发明还提供一种汽车车门间隙面差控制系统的控制方法，包括确定车门焊装间隙面差设计值{H}；对车门进行焊装，达成焊装发车标准；进行涂装、总装并判断总装间隙面差均值偏差和极差是否满足要求，若满足则输出车门焊装间隙面差最终设计值，若不满足则循环调整修正{H}。本发明提高车门总装后的间隙面差合格率。