本发明公开了一种抑制单相充电二次功率谐波的控制方法及电机控制器，属于驱动控制领域，用于控制仅在中性点与正输入端或负输入端之间设置有低压电容的箝位型三电平变换器，当正负输入端之间高压电池连接的充电机单相并网时，方法包括：根据电机转子的d轴位置角将对应相的电机绕组连接至低压电容；根据充电机单相并网时施加在低压电容两端的电压中二次功率谐波的幅值和相位，计算低压电容电压指令值；根据低压电容电压指令值计算其他各相电压指令以控制桥臂中的上、下开关管，从而在低压电容两端产生与二次功率谐波幅值相同且相位相反的谐波信号。低压电容吸收充电功率中的二次谐波分量，实现充电机平滑并网，使电池不受功率谐波的影响。