本发明公开了一种网络缺失数据在线填充的流处理方法，包括：在对网络缺失数据进行流处理的过程中，通过特征提取器和门控循环单元对前一时段内的监控数据矩阵序列蕴含的时间和空间信息进行提取，能够获取保留历史数据中有效信息的上下文向量，将其与当前时刻网络缺失数据对应的空间特征向量信息进行联合，已将联合向量输入至预先训练好的缺失数据生成模型，以获取对网络缺失数据填充后的当前监控数据矩阵。本发明提供的网络缺失数据在线填充的流处理方法及系统，通过将网络缺失数据对应的空间特征向量与此前历史数据相关的上下文向量进行联合，使其融合了此前时段网络数据的时空信息，能有效地提高对网络缺失数据进行在线填充的精度。