本发明公开了一种磁悬浮轴承转子控制系统同频干扰的抵消方法，包括：将同频干扰作用在磁悬浮轴承转子上，利用磁悬浮轴承转子系统将输出的位移信号反馈到反推控制器，并输出被同频干扰作用后的控制电流信号；将位移信号和控制电流信号共同作为干扰观测器的输入；根据位移信号中的干扰信号与控制电流信号截止频率的不同，将干扰信号通过低通滤波器，利用干扰观测器观测的信号抵消实际干扰信号，来抵消同频干扰力。本发明根据同频干扰信号与控制信号的截止频率不一样，将干扰信号经过低通滤波器，将干扰观测器实时测得的信号抵消磁悬浮转子系统的干扰信号，进而抵消同频干扰力，能够抵消转子从零转速到恒定转速，再到零转速范围内的同频干扰力。