本发明公开了一种具有拦污网的双扉闸门及其运行方法，包括至少两个闸墩，两所述闸墩之间设有可翻转的闸门；所述闸门为凹形结构，所述闸门表面凹陷处设为溢流口，所述溢流口内设有可翻转的溢流板；两所述闸墩的上、下端面分别设有检修板和底板，以及铰接在所述检修板和所述底板上的副启闭杆和主启闭杆，所述主启闭杆和所述副启闭杆的一端分别铰接有所述闸门和所述溢流板；两所述闸墩上设有驱动组件，靠近所述溢流板且在所述驱动组件上连接有可移动的拦污组件；解决了现有的拦污装置，无法实现不间断拦截、收集并清理漂浮垃圾，导致增加了河道工人的工作效率，延长了施工周期的问题。