本发明涉及一种含有脂肽的复合驱油剂及其使用方法，包括，步骤S1,将弱碱溶液通过第一注入口注入搅拌室进行搅拌，将石油磺酸盐和脂肽形成的第一组合物通过第二注入口注入搅拌室与弱碱溶液进行搅拌形成第二组合物，将聚合物通过第三注入口注入搅拌室与第二组合物混合搅拌形成含有脂肽的复合驱油剂；步骤S2，开启输液泵，含有脂肽的复合驱油剂通过检测管输送至注液管，中控单元开启调节阀，向天然岩心注入含有脂肽的复合驱油剂；步骤S3,中控单元控制采油装置进行采油。本发明设置中控单元，根据形成的含有脂肽的复合驱油剂的实时粘度通过设置不同注入口控制不同物料的投入量，通过调节输入泵输送压力和注液管道调节阀开口面积，以提高采油的采收率。