本发明涉及一种基于深度神经网络的甘蔗幼苗自动识别与计数方法，包括：数据采集、图像预处理、制作数据集、搭建卷积神经网络结构、模型训练、模型精度评估及选择、对大尺寸航拍检测结果进行拼接与去重，得到对原始航拍图像全图甘蔗苗的检测与计数结果。本发明提出一种基于深度神经网络的甘蔗幼苗自动识别与计数方法，通过深度卷积神经网络对数据的本身特征进行非线性表达，能够从复杂数据中学习到甘蔗幼苗的特征，增强了模型的鲁棒性。