双旋流燃烧不稳定控制方法及系统，先由机器学习算法生成第一代激励函数信号。然后搭建由双旋流燃烧器、燃烧室、供气系统、电磁阀、压力传感器、数据采集卡、控制器以及计算机构成的试验系统。控制器控制电磁阀根据激励函数信号调节内旋流燃料流量。压力传感器采集燃烧室壁面压力并传输给计算机。最后根据压力振荡定义代价函数进行更新，使得机器学习进入第二代。如此循环几代，当机器学习中不再有更小的代价函数产生时，表示算法已经收敛。此时，最小代价函数所对应的激励函数信号即为最优激励函数信号。本发明充分发挥机器学习算法全局寻优的优势，以最大程度地抑制燃烧不稳定，延长航空发动机和燃气轮机的使用寿命。