本发明所公开的一种基于超级电容的轨道交通车站集中电源系统，车站供电站包括变压器、超级电容储能模块和输入输出管理模块，输入输出管理模块包括电容充电系统、电量检测模块和主控器，超级电容储能模块的输出端与车站内的负载电性连接，负载包括LED灯具和通风系统，电容充电系统的输入端连接在变压器供电端上，电容充电系统获取输出端整流后对超级电容储能模块进行充电，电量检测模块、电容充电系统均与主控器相连并受其控制，超级电容储能模块对通风系统供电，且通风系统对车站内通风的同时对超级电容储能模块内的热量进行散发；其提升超级电容储能模块的使用效率、使用寿命，并且避免因过热导致超级电容单体的内阻增大而使容量减小的问题发生。