本发明公开了一种具有孤岛故障穿越能力的孤岛保护方法及系统，涉及风力发电技术领域。所述方法包括：根据风电机组网侧实时信息，进行孤岛检测，判断风电机组是否处于孤岛状态；当判断风电机组处于孤岛状态，则进一步判断风电机组是否应当进入孤岛故障穿越模式；当判断风电机组应当进入孤岛故障穿越模式，则改变风电机组的控制模型，采用孤岛故障穿越控制策略，进入孤岛故障穿越模式；根据风电机组网侧实时信息，判断风电机组是否已经恢复至并网状态，确定孤岛保护是否应当动作。本发明可以使得风电机组在保障自身安全的前提下，穿越暂时性孤岛故障，可以有效平衡风机冗余功率，及时调整风机出力可以减少耗能装置散热，增加使用寿命。