本申请的基于HL7消息机制的医疗互联互通方法及系统，在生成医疗数据处理线程之后根据医疗用户端输入的查询语句在预设数据库中确定目标医疗互联数据，进而将目标医疗互联数据导入医疗数据处理线程，得到医疗数据处理线程输出的格式化数据文本，将格式化数据文本反馈给医疗用户端。在本申请中，医疗数据处理线程是基于医疗用户端的数据处理请求对应的拖拽添加和自由连接操作指示生成的完整的数据处理流水线，因而可以根据用户的实际需求对目标医疗互联数据进行灵活的和个性化的数据组装和优化，以确保输出的格式化数据文本是尽可能满足医疗用户的实际需求的，这样可以实现高效的医疗数据互联互通。