本发明公开了一种酶促反应的层析系统及其控制方法，所述酶促反应的层析系统包括：层析柱与层析柱管道连接的待上柱液釜、自动控制装置，在所述层析柱的进料口的管路上设置有流量计和自动控制阀，所述层析柱的出料口设置有流量计和自动控制阀，其中的自动控制阀、流量计分别与自动控制装置电连接。通过在层析柱系统中设置流量计和自动控制阀，由流量计检测进出层析柱的原料流量大小，根据流量大小控制自动控制阀的开启度，从而对进出所述层析柱流量和流速，保证层析柱进出口流量处于平衡状态，使得各种原料的加入量更加的准确，降低了产品的损失。