本发明涉及公开了一种香烟滤棒自动排列输出系统。涉及烟支滤棒生产技术领域。本申请具体多个纵向分布的滤棒传送装置，用以将多个不同滤棒段排列输出的滤棒排列装置，用以将多个滤棒传送装置上的滤棒段按照顺序运输到滤棒排列装置中的滤棒转运装置，以及用以对滤棒段进行导向限位的滤棒导向装置；滤棒转运装置包括多个伸出长度不同的滤棒传送装置上滤棒段的夹板组件，以及与多个夹板组件滑动连接、用以供多个夹板组件在其上滑动的跑道形滑轨，滤棒导向装置上设有多个不同高度的接料槽、用以分别接收夹板组件上不同高度的滤棒段。本发明在进行多段香烟滤棒的排序运输时，使多段香烟滤棒在排序运输装置上准确到达指定位置，保证滤棒复合的质量。