本发明涉及一种压力波双向通讯分层注水装置，包括地面控制器、柱塞泵及智能配水器，柱塞泵的出口通过出水阀组与注水管的顶部相连，智能配水器与地层相对应且连接在注水管的下部，地面控制器与智能配水器压力波双向通讯，智能配水器的筒体中段圆周上对称设有沿径向与筒体大孔径段贯通的筒体进水孔；筒体的下端母螺纹中旋接有下接头，下接头的上端口上方设有固定水嘴，固定水嘴上设有固定过流槽，固定水嘴的上端设有开度控制水嘴，开度控制水嘴位于筒体大孔径段且其上端与传动轴的底部固定连接，传动轴的上端通过联轴器与伺服电机的输出轴相连，伺服电机固定在筒体上端。本装置可以通过地面设备与井下仪器的双向压力波通信，实现对地层的精确注水。