本发明涉及一种基于反演电阻率断面的物探地质数据库合并方法，步骤包括：开展航空TEM测量获得成果数据库；对采集的数据进行一维电阻率反演并生成沿测线的电阻率数据库；在电阻率数据库中计算每条测线上每个采样点离起点的平距，绘制电阻率‑海拔高程沿平距的断面图；结合地质资料，在反演电阻率断面上开展地质推断解释，并对不同类型的地质体进行编码，分别提取相同编码地质体的海拔高程‑平距数据并形成数据库；以平距为纽带将地质体数据库与电阻率数据库合并，生成物探‑地质数据库。本发明克服了传统利用物探资料进行剖面解释时手动提取地质体平面信息导致效率低准确度差的问题，快速有效提高了地质体空间位置自动提取能力。