本发明公开了一种钢轨焊缝热处理控制系统及热处理方法，本发明系统设置三个测温元件同时监测轨头温度以及两个底角（c1）、（c2）在高频正火中的温度，以及两个底角（c1）、（c2）的奥氏体化时间，五个参数全面监测，解决轨头满足正火要求时，而两个底角和三角区不达标的问题；设置第四测温元件和风压传感器监测喷风冷却过程中轨头温度和工作风压，并调控工作风压在设定区间；使得喷风冷却过程实现精准监控；全新的控制系统中，正火完成后自动喷风，使每个焊缝的时间间隔都一致，且无人为的干扰，并且使用变频器控制，使喷风的位置比人工操作更精准；本发明系统通过程序控制在满足每一步工艺条件后自动执行下一步的动作,减少人工操作带来的误差。