本发明公开了一种岩石样品中伴生矿物识别方法及系统，通过采集岩石样品截面的截面图像；对截面图像进行预处理、筛选和分割得到各个子矿区图像，各个子矿区图像构成第一图像集合；对第一图像集合中的各个子矿区图像进行分类识别；计算第一图像集合中标记为伴生矿的伴生矿图像数量；当伴生矿图像数量超过阈值时判断岩石样品包含伴生矿，否则岩石样品不包含伴生矿，能够智能、快速和准确地识别出各个岩石样品中是否包含伴生矿，从而快速地分离筛选出包含伴生矿的矿石，能够提高提高开采价值，本发明应用于矿石筛选分类领域。